2041 год. В результате масштабных прорывов в области кибернетики люди получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные протезы. Сотрудница 9-го отдела службы безопасности майор Мотоко Кусанаги проводит операцию по расследованию деятельности загадочного хакера, известного под псевдонимом Кукловод.
В ходе следствия выясняется, что преступник обладает продвинутыми навыками взлома и осуществляет кибератаки на модернизированные протезы. Майор Кусанаги, используя собственные кибернетические enhancements, пытается выйти на след злоумышленника, чьи мотивы и истинная личность остаются нераскрытыми.